Prediction of binding modes between protein L-isoaspartyl (D-aspartyl) O-methyltransferase and peptide substrates including isomerized aspartic acid residues using in silico analytic methods for the substrate screening.
ヒト体内のタンパク質中アスパラギン酸（Asp）残基はL-α-Asp、L-β-Asp、D-α-Asp、D-β-Aspの4種異性体として存在し、D-β-Aspの割合が最大である。タンパク質L-イソアスパルチル（D-アスパルチル）O-メチルトランスフェラーゼ（PIMT）はL-β-AspおよびD-α-Aspを認識し側鎖メチル化を触媒する修復酵素候補である。本研究では分子ドッキングおよび分子動力学シミュレーションを用いてPIMTと各異性体含有ペプチドの結合様式を解析した。基質ペプチドではカルボキシル基が類似した様式で認識されたが、非基質ペプチドでは分子内水素結合が形成され立体構造が剛直化することが示された。
PIMTはL-β-AspおよびD-α-Aspのカルボキシル基を類似した配向で認識し側鎖メチル化を触媒する一方、非基質異性体では分子内水素結合による剛直化が結合を阻害する。
細胞・分子レベルの基礎研究です。ヒトでの応用には吸入経路が最も有望な投与方法とされますが、吸入応用にあたっては爆発リスクを伴うため使用濃度に注意が必要です（LFL 実証値 10%、高濃度機は非推奨）。
詳しくは: